Les structures de la plupart des gouvernements fédéraux intègrent des mécanismes pour protéger les droits des États membres. Une méthode, connue sous le nom de «fédéralisme intra-étatique», consiste à représenter directement les gouvernements des États membres dans les institutions politiques fédérales. Lorsqu’une fédération a une législature bicamérale, la chambre haute (sénat) est souvent utilisée pour représenter les États qui la composent, tandis que la chambre basse (chambre des députés) représente le peuple de la nation dans son ensemble. Une chambre haute fédérale peut être fondée sur un régime spécial de répartition, comme c’est le cas dans les sénats des États-Unis et d’Australie, où chaque État est représenté par un nombre égal de sénateurs quelle que soit la taille de sa population.

Alternativement, ou en plus de cette pratique, les membres d’une chambre haute peuvent être élus indirectement par le gouvernement ou la législature des États composants, comme cela s’est produit aux États-Unis avant 1913, ou être de véritables membres ou délégués des gouvernements des États, comme, par exemple, c’est le cas au Bundesrat allemand et au Conseil de l’Union européenne. La chambre basse d’une législature fédérale est généralement élue directement, avec une répartition proportionnelle à la population, bien que les États puissent parfois se voir garantir un certain nombre minimum de sièges.

Au Canada, les gouvernements provinciaux représentent les intérêts régionaux et négocient directement avec le gouvernement central. Une conférence des premiers ministres entre le premier ministre fédéral et les premiers ministres provinciaux est de facto le forum politique le plus élevé du pays, bien que cela ne soit pas mentionné dans la constitution.

Une politique structurelle très importante dans une fédération est l’arrangement budgétaire qui concerne la manière dont les compétences (côté dépenses) et les instruments fiscaux (côté recettes) sont répartis entre les différents niveaux (verticaux) de l’administration publique. Une partie importante de sa nature est le système de paiements de transfert ou de subventions par lequel un gouvernement central partage ses revenus avec les niveaux inférieurs de gouvernement.

Les gouvernements fédéraux utilisent ce pouvoir pour appliquer les règles et normes nationales. Il existe deux principaux types de transferts, conditionnels et inconditionnels. Un transfert conditionnel d’un organisme fédéral à une province ou à d’autres territoires comporte un certain ensemble de conditions. Si le niveau inférieur de gouvernement veut recevoir ce type de transfert, il doit accepter les instructions de dépenses du gouvernement fédéral. Un exemple de cela serait le Transfert de la santé au Canada.